projekt2_KNIME_2017A

PROJEKT

Celem projektu jest analiza danych dotyczących aktywności małocząsteczkowych inhibitorów białek. Dla wskazanego na liście obecności targetu należy pobrać dane z bazy danych ChemBlDb (najlepiej IC50) i za pomocą platformy KNIME dokonać odpowiednich analiz. Analizy te mają pomóc odpowiedzieć na postawione niżej pytania:

Pytania

1. jak wygląda statystyka aktywności (IC50) dla tych związków? Jaka jest wartość średnia, minimalna, maksymalna? (:bulb: tabela?)
2. Czy aktywność tych związków jest skorelowana z logP, TPSA, masą molową (MW)? (:bulb: wykres 3D? inny wykres? inny rysunek?)
3. Jak wygląda struktura 10 najaktywniejszych związków? (:bulb: tabela-screenshot?)
4. jak bardzo zróżnicowana strukturalnie jest to pula związków (10 związków)?

💡 UWAGI:

• W tabeli pobranej z bazy ChemblDb aktywność związku (czyli w tym przypadku wartość IC50) znajduje się w kolumnie STANDARD_VALUE
• Dla wartości IC50 - im niższa wartość, tym związek jest bardziej aktywny. Proszę pamiętać przy sortowaniu wyników, wyłanianiu związków najbardziej aktywnych itp. Patrz wpis na wiki.

Odpowiedzi

Odpowiedzi należy przysłać na adres:

Należy załączyć:

• dokument z odpowiedziami w formie dokumentu LibreOffice (lub PDF)
  • na początku dokumentu należy umieścić imię, nazwisko, grupę i cel (target).
• wyeksportowany obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)
  • Dodać adnotację do schematu (new workflow annotation) ze swoim imieniem, nazwiskiem i grupą