godziny

3️⃣ 4️⃣

24/25

1. xxx
2. intro 🆗
3. bazy danych - sekwencje 🆗
4. 23.10. bazy danych - ligandy 🆗
5. 30.10. bazy danych - badania kliczne, izostery | formaty, parametry fiz chem
6. 6.11 przewidywanie parametrów fiz chem 1
7. 13.11 przewidywanie parametrów fiz chem 2, symulacje
8. 20.11 xxx
9. 27.11 sprawdzian fiz-chem
10. KNIME
11. KNIME
12. x-ray, pymol
13. x-ray, pymol
14. x-ray, pymol

22/23

1. intro
2. ogólne + sekwencje bez blasta i alignmentu 3️⃣ 4️⃣
3. blast, alignment; małe molekuły 3️⃣ 4️⃣
4. małe molekuły 3️⃣ 4️⃣
5. małe molekuły 2 3️⃣ 4️⃣
6. Formaty struktur, parametry fiz-chem 3️⃣ 4️⃣
7. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje 3️⃣ 4️⃣
8. sprawdzian fiz-chem 3️⃣ 4️⃣
9. KNIME - teoria, fingerprinty 3️⃣ | teoria, pierwsze węzły i programy 4️⃣
10. KNIME - pierwszy program 3️⃣ | cd 4️⃣
11. KNIME do końca :3: | resztka + początek projektu :4:
12. x-ray, pymol
13. pymol
14. pymol

21/22

1. Zdalne intro 3️⃣ 4️⃣
2. Zdalne ogólne + sekwencje 3️⃣ 4️⃣
3. Zdalne ligandy, bioizostery 3️⃣ 4️⃣
4. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy rysowania 3️⃣ 4️⃣
5. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje 3️⃣ 4️⃣
6. sprawdzian marvin 3️⃣ 4️⃣
7. wstęp KNIME, KNIME 1 3️⃣ 4️⃣
8. KNIME2 - do fingerprintów 3️⃣ 4️⃣ (3️⃣ - co to są fingerprinty)
9. KNIME3 (przeszukiwania, raporty) 4️⃣
10. początek projektu
11. KNIME4 - koniec projektu
12. baza danych PDB, pymol
13. pymol
14. test pymol
15. dokowanie i ADMET

20/21

1. Zdalne 3️⃣ 4️⃣
2. Zdalne 3️⃣ 4️⃣
3. Zdalne 3️⃣ 4️⃣
4. PyMOL 3️⃣ 4️⃣
5. test PyMOL 3️⃣ 4️⃣
6. KNIME1 - intro 3️⃣ 4️⃣
7. KNIME2 - 3️⃣
8. 13-14 stycznia zdalne: pdb, fiz-chem
9. KNIME3 - projekt
10. koniec projektu. marvin
11. marvin, koniec

2019/20

1. Wstęp 3️⃣ 4️⃣
2. Bazy danych - sekwencje itp. 3️⃣ 4️⃣
3. Bazy danych - małe cząsteczki - wstęp: zinc, pubchem, emolecules; chembldb, bioizostery - wstęp; 3️⃣ 4️⃣
4. bioizostery - ćwiczenia - itp., inne bazy danych | ćwiczenia małe molekuły 3️⃣ 4️⃣
5. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy rysowania 3️⃣ 4️⃣
6. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje 3️⃣ 4️⃣
7. sprawdzian marvin 3️⃣ 4️⃣
8. wstęp KNIME, KNIME 1 3️⃣ 4️⃣
9. KNIME2 3️⃣ 4️⃣
10. KNIME3 (przeszukiwania, Machine learning, raporty) 3️⃣ 4️⃣
11. początek projektu (przed świętami) 3️⃣ 4️⃣
12. KNIME4 - koniec projektu (po świętach) (50 min); krystalizacja 3️⃣ 4️⃣
13. baza danych PDB, pymol 3️⃣ 4️⃣ (4: kolory, tło)
14. pymol; test pymol?
15. test pymol

p 0625, w 0742, z 0830, s 130A

2018/19

1. Wstęp 🆗
2. Bazy danych - sekwencje itp. 🆗
3. Bazy danych - małe cząsteczki - wstęp: zinc, pubchem, emolecules; chembldb, bioizostery - wstęp; 🆗
4. bioizostery - ćwiczenia - itp., inne bazy danych | ćwiczenia małe molekuły 24.X 🆗
5. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy rysowania i 31.X 🆗
6. przewidywanie parametrów fiz chem i symulacje 7 XI:ok: (grupa czwartkowa jeszcze nie miała)
7. sprawdzian marvin 14.XI 🆗 🆗
8. wstęp KNIME, KNIME 1 🆗 🆗
9. KNIME2 🆗 🆗
10. KNIME3 (przeszukiwania, Machine learning, raporty) 🆗
11. początek projektu
12. KNIME4 - koniec projektu [przed świętami] - środa 🆗 czwartek ❌
13. po świętach: koniec projektu knime | krystalizacja, pdb baza danych PDB, pymol
14. pymol | test pymol
15. test pymol

p 0645, w 0753, z 0830, s 130A

2017/18

1. Wstęp
2. Bazy danych - sekwencje
3. Bazy danych - sekwencje - cd (5 min) + ćwiczenia (20 min); małe cząsteczki - wstęp: zinc, pubchem, emolecules;
4. aktywności cząsteczek - chembldb, bioizostery - wstęp
5. swiss bioisosters, metabolity; ćwiczenia małe molekuły. ([x] czwartek, środa x2)
6. wstęp, parametry fiz-chem - wykład; formaty plików - wstęp; MarvinSketch - instalacja, podstawy i ćwiczenia
7. cd ćwiczeń marvina, instalacja/konfiguracja KNIME
8. ... test Marvin
9. wstęp KNIME, KNIME 1
10. KNIME2
11. KNIME3 (przeszukiwania, Machine learning), początek projektu
12. KNIME4 - koniec projektu? | krystalizacja, pdb [przed świętami]
13. baza danych PDB, pymol
14. --
15. test pymol

p 0645, w 0753, z 0830, s 130A

🛠️ poprawić:

• mniej baz danych! więcej pymola i knime!
• może: bazy danych, marvin, PYMOL, knime?
• na pierwszej prezentacji - może film youtube o lekach - jak działają, target, ligand, efekty uboczne, co innego jest ważne w lekach?
• ⚠️ przeczytać!!!

2016/17

Tego się trzymamy. Mniej baz danych!

1. Wstęp i wstęp do baz danych 🆗
2. sekwencje - wstęp, baza uniprot - szczegóły, inne bazy sekwencji; ćwiczenia - początek 🆗
3. ćwiczenia koniec (15-20'); bazy danych małych cząsteczek: struktury (zinc...), chembldb - wstęp/całość ew inne bazy aktywności 🆗
4. cd baz danych. Start ćwiczeń (15') 🆗
5. cd ćwiczeń (ok 1h); małe molekuły - wstęp, parametry fiz-chem - wykład 🆗
6. formaty plików - wstęp; MarvinSketch - podstawy i ćwiczenia 🆗
7. ćwiczenia cd + instalacja KNIME | brak zajęć (10 i 12) 🆗
8. podstawy KNIME | cd ćwiczeń zal. (10 i 12), KNIME wstęp 🆗
9. KNIME cd. 🆗
10. KNIME cd. 🆗
11. ćwiczenia KNIME - sprawdzian 🆗
12. struktury 3D - wykład, baza pdb, molprobity, hotspotwizard 🆗
13. pocket finding, druggability, pymol
14. pymol 2
15. dokowanie, zakończenie