Сортировка VCF и BED по хромосоме и позиции

[PlatonB]

Думаю над более конкретной фичей, чем #3.

Для VCF это не просто эстетическая штука, а обязательное требование. Что касается BED, там несортированность не смертельна, но снижает производительность некоторым программам (например, bedtools).

Реализация:

1. create_db должен создавать компаундный индекс по первым двум (VCF) или трём (BED) полям. Без него парсеры при попытке сортировки по этим полям будут крайне тормозить и даже вылетать. Но от возможности создания раздельных индексов по упомянутым полям отказываться не хотелось бы. Я экспериментально убедился в том, что MongoDB разрешает совмещать несколько индексов для одного поля. Но предстоит ещё разобраться, как такое влияет на производительность запросов. Не запутается ли MongoDB при их выполнении? UPD-11.04.2020: не запутается.
2. reindex_db. Возможно, будет полезен запрет на удаление обсуждаемого составного индекса.
3. annotator, intersect_subtract, make_request. sort() для курсора и $sort в aggregation pipeline. UPD-18.04.2020: $sort надо держать в конце пайплайна, чтобы тот не мешал предыдущим звеньям использовать индекс. Сам он при этом индексом пользоваться не сможет, что должно частично компенсироваться режимом внешней сортировки.

[PlatonB]

Сделано.