DNA

dna 分析流程

使用方法

nextflow run main.nf -profile {x86|arm} --reads1=sample_R1.fq.gz  --reads2=sample.R2.fq.gz --sample={SAMPLE_NAME} --output={OUTPUT DIR} 
参数：
profile|string          必填    指定计算平台（arm|x86)
reads1|string           必填    测序下机数据中reads1文件
reads2|string           必填    测序下机数据中reads2文件
sample|string           必填    样本名称
output|string           必填    输出结果所在的目录
bwa_cpu|int             可选    bwa软件进程数（默认：2）
gatk_cpu|int            可选    gatk软件进程数（默认：2）
bwa_db_prefix|string    可选    bwa 用到的参考基因组索引文件（默认：/data/wgs_db/hg19/bwa/chr1-x）
ref_sequence|string     可选    参考基因组文件（默认：/data/wgs_db/hg19/bwa/chr1-x.fasta）

依赖环境

java:1.8
nextflow:lastest
docker:lastest