Blood Morphology Grapher

Opis

Mały skrypt wyświetlający pod postacią wykresów przebieg wyników badań morfologicznych krwi. Wizualizowane są dane otrzymywane z analizatora Pentra 2 używanego m.in. we Wrocławskim RCKiK. Pozwala to na łatwe śledzenie zmian zachodzących w składzie krwi na przestrzeni czasu. Ukazywane są także wartości brzegowe względem stosunkowego mężczyzny lub kobiety aby widzieć czy wartości nie oscylują przy zalecanych granicach. Przykład wykresu najduje się poniżej.

Wizualizowane dane:

• RBC [mln/µl] - Ilość czerwonych krwinek (erytrocytów)
• HGB [g/dl] - Ilość hemoglobiny w ogólnej masie erytrocytów
• HCT [%] - Hematokryt - procentowa objętość erytrocytów we krwi
• MCV [fl] - Średnia objętość erytrocytu
• MCH [pg] - Stężenie hemoglobiny w erytrocycie
• MCHC [g/dl] - Stężenie hemoglobiny w ogólnej masie erytrocytów
• RDW [%] - Anizocytoza erytrocytów - rozpiętość rozkładu objętości erytrocytów
• PLT [tys/µl] - Ilość płytek krwi (trombocytów)
• PDW [%] - Anizocytoza trombocytów - rozpiętość rozkładu objętości trombocytów
• MPV [fl] - Średnia objętość trombocytu
• WBC [tys/µl] - Ilość białych krwinek (leukocytów)
• PCT [%] - Poziom prokalcytoniny (białka tarczycy) w osoczu krwi
• LYM [%] - Procentowy udział limfocytów w leukocytach
• MON [%] - Procentowy udział monocytów w leukocytach
• NEU [%] - Procentowy udział neutrofili w leukocytach
• BAS [%] - Procentowy udział bazofili w leukocytach
• EOS [%] - Procentowy udział eozynofili w leukocytach
• LYM [tys/µl] - Ilościowy udział limfocytów w leukocytach
• MON [tys/µl] - Ilościowy udział monocytów w leukocytach
• NEU [tys/µl] - Ilościowy udział neutrofili w leukocytach
• BAS [tys/µl] - Ilościowy udział bazofili w leukocytach
• EOS [tys/µl] - Ilościowy udział eozynofili w leukocytach
• ALY [%] - Procent limfocytów atypowych (reaktywnych)
• ALY [tys/µl] - Ilość limfocytów atypowych (reaktywnych)
• LIC [tys/µl] - Ilość dużych niedojrzałych komórek (limfoblastów)

Po uruchomieniu programu wygenerowane wykresy zostaną automatycznie zapisane do folderu z modułem wykonywalnym.

Uruchomienie

Skrypt uruchamia się przy pomocy Pythona w wersji co najmniej 3.3 odpalając plik wykonywalny:

py -3 main.py

Możliwe są dodatkowe przełączniki:

• -f <sciezka/plik.csv> zmiana lokacji pliku .csv z danymi
• -s pokazywanie wykresów od razu po ich utworzeniu bez zapisywania ich
• -k rysowanie wartości brzegowych dla statystycznej kobiety zamiast mężczyzny

Dane wejściowe

Dane wejściowe pobierane są domyślnie z pliku data.csv który powinien znajdować się obok modułu wykonywalnego. Jego przykładowa struktura:

date;RBC;HGB;HCT;MCV;MCH;MCHC;RDW;PLT;PDW;MPV;WBC;PCT;LYM%;MON%;NEU%;BAS%;EOS%;LYM;MON;NEU;BAS;EOS;ALY;ALY%;LIC
18.12.17;5.04;13.0;39.7;79;25.9;32.8;17.4;220;18.0;9.5;3.8;0.2;12.5;6.5;72.3;0.5;2.2;1.68;0.7;8.5;0.08;0.25;0.17;1.3;0.12
05.02.18;5.58;15.4;47.0;84;27.6;32.8;18.4;230;18.8;9.5;4.6;0.2;13.1;6.2;74.6;0.4;1.9;1.84;0.9;8.9;0.12;0.31;0.15;1.5;0.14
04.04.18;5.08;15.4;46.1;91;30.2;33.3;14.5;206;18.0;9.3;5.1;0.2;13.8;5.7;73.2;0.4;1.7;1.24;0.6;9.2;0.11;0.29;0.15;1.4;0.14
06.06.18;4.96;15.5;45.5;92;31.3;34.1;13.6;180;17.8;9.2;4.3;0.2;14.2;6.1;76.5;0.3;2.0;1.53;0.6;8.4;0.14;0.29;0.15;1.5;0.16

Plik ten można utworzyć ręcznie bądź wykorzystać kreator do dodawania próbek z badań. W tym celu należy uruchomić:

py -3 creator.py

Okno kreatora do wpisywania wyników badań:

Po wciśnięciu Add data to CSV wpisane dane zostaną dodane do aktualnie wybranego pliku .csv. Plik ten zostanie stworzony automatycznie jeśli nie istnieje.

Dodatkowe opcje kreatora:

• File -> Choose other input CSV file - okno zmiany pliku .csv do zapisywania danych
• File -> Choose parsed OCR file to fill data - okno wybrania pliku tekstowego z dowolnego oprogramowania OCR po przetworzeniu zdjęcia/skanu kartki z wynikami; te dane, które uda się odczytać zostaną automatycznie wypełnione w kreatorze