author	date
Samantha Rubo	2024-08-31

Bedeckungsgrad

Die Skripte in diesem Projekt dienen dazu, den Bedeckungsgrad auf Grundlage von RGB-Fotos zu berechnen.

Berechnung:

Über die Kanal-Berechnung „2*green – red – blue“ wird der Green Excess Index gebildet, welcher in einem Grauwerte-Bild resultiert. Der Grenzwert (grau) zur Unterscheidung zwischen Pflanze (weiß) und Boden (schwarz) wird nach Otsu (1979; vgl. literatur/otsu.pdf) auf Grundlage des Histogramms bestimmt. Abschließend wird das Verhältnis der Anzahl weißer zu schwarzer Pixel berechnet, und als Bedeckungsgrad in Prozent ausgegeben.

Anwendung:

Die Berechnung wie oben beschrieben erfolgt mit dem Skript analyses/batch.bedeckungsgrad.R. Um einen einfachen Workflow zu gewährleisten, wurde das RMD-file Beispiel_Batch_Berechnung.Rmd erstellt. Dort wird im oberen Teil des Skriptes der Ordner der Input-Bilder angegeben. Anschließend kann das Dokument geknitted werden. Die Ausgabe besteht aus

• einer CSV-Datei der Bedeckungsgrade
• den Ausgabe-Bildern (schwarz-weißer Bedeckungsgrad)
• neu skalierten Input-Bildern
• sowie dem zugehörigen PDF-Dokument des RMD-Skriptes, welche die Bedeckungsgrad-Bilder gegenüberstellt.

Hinweise:

Die Order-Struktur des Projektes ist zu beachten:

• Input-Bilder unter data/input_images/….eigenerOrdner (vom Benutzer zu erstellen)
• Neu skalierte Input-Bilder unter data/input_images_resized/…eigenerOrdner (automatisch erstellt)
• Output-Bilder unter data/output_images/…eigenerOrdner (automatisch erstellt)
• Output-CSV unter data/Bedeckungsgrad_csv/… eigenerOrdner_Bedeckungsgrade.csv (automatisch erstellt)

Das Skript Beispiel_Batch_Berechnung.Rmd sollte vor jeder Durchführung (d.h neuer Ordner mit Bildern) im selben Ordner kopiert und umbenannt werden.

Beispiel: