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import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.gridspec import GridSpec
from mpi4py import MPI
import random
import os
import math
# Para realizar copias sin punteros
import copy
# EJECUTAR
# py Aglomerative.py
"""
Algoritmo de clustering jerarquico aglomerativo.
Distancias entre clusters:
- Centroide
- Simple
- Compuesto
Distancia entre individuso:
- Manhattan
- Euclidea
Una vez terminado el algoritmo, la interfaz muestra la asignacion de los individuos, con mejor
indice de Davie-Bouldin, ademas de imprimir el coeficiente, y el diagrama de codo.
"""
def lee(archivo):
dir=os.getcwd()
n=len(dir)
array=[]
while(dir[n-3]!='T' and dir[n-2]!='F' and dir[n-1]!='G'):
dir=os.path.dirname(dir)
n=len(dir)
if archivo==None: archivo=input("Introduce un nombre del fichero: ")
path=os.path.join(dir, ".otros","ficheros","2_Cluster", archivo+".txt")
with open(path, 'r') as file:
content = file.read()
# Quita " " "," "[" y "]. Y divide el archivo
datos=content.replace('[', '').replace(']', '').split(', ')
for i in range(0, len(datos), 2):
x=float(datos[i])
y=float(datos[i+1])
array.append([x, y])
return array
class Distancia1():
def distancia(self,a,b):
ret=0.0
for i in range(len(a)):
ret+=abs(a[i]-b[i])
return ret
class Distancia2():
def distancia(self,a,b):
ret=0.0
for i in range(len(a)):
ret+=(a[i]-b[i])**2
return math.sqrt(ret)
class Jerarquico_Aglom:
def __init__(self, vals, C, tipo, dist):
self.poblacion=vals # float[i][dimension]. Poblacion a analizar
self.d=len(vals[0]) # int. Dimensiones de los individuos
self.n=len(vals) # int. Tamaño de la poblacion
self.C=C # int. Numero de clusters
self.tipo=tipo # int. Distancia entre clusters
# 0: Centroide, 1: Simple, 2: Completa
self.distancia=None # Distancia. Funcion para calcular la distancia enter individuos
# Manhattan:0 Euclidea=1
if dist==0: self.distancia=Distancia1()
else: self.distancia=Distancia2()
def ejecuta(self,clusts):
if self.tipo==0: return self.ejecuta_centroide(clusts)
elif self.tipo==1: return self.ejecuta_simple(clusts)
else: return self.ejecuta_completo(clusts)
def ejecuta_centroide(self, clusts):
# FASE1: Inicializa Matriz de distancias
M=[([0 for _ in range(self.n)]) for _ in range(self.n-1)]
for i in range(self.n-1):
for j in range(i+1,self.n):
M[i][j]=self.distancia.distancia(self.poblacion[i],self.poblacion[j])
# Array de clusters
clusters=[[i] for i in range(self.n)]
# Array con los centros de cada cluster
clustersCentros=[x for x in self.poblacion]
asig=[[] for _ in range(clusts)]
centr=[[] for _ in range(clusts)]
# FASE2:
# Repite hasta que solo haya "self.C" clusters
for k in range(self.C,self.n):
# Elegir los 2 cluster mas cercanos
c1,c2=None,None
distMin=float("inf")
for i in range(len(M)):
for j in range(i+1,len(M[0])):
if distMin>=M[i][j]:
distMin=M[i][j]
c1=i
c2=j
# Junta los cluster mas cercanos
for x in clusters[c2]:
clusters[c1].append(x)
clusters.pop(c2)
# Actualiza centro
tmp=[0.0 for _ in range(self.d)]
for x in clusters[c1]:
for y in range(self.d):
tmp[y]+=self.poblacion[x][y]
for x in range(self.d):
tmp[x]/=len(clusters[c1])
clustersCentros[c1]=tmp
clustersCentros.pop(c2)
# Borra fila, si se elimina el ultimo cluster no hay que eliminar la fila.
# Porque la matriz esta implementada solo el triangulo superior
if c2!=len(M): M.pop(c2)
# Borra Columna
for row in M:
del row[c2]
# Actualiza col
i=0
while i!=c1:
M[i][c1]=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1],clustersCentros[i])
i+=1
# Actualiza fil
for i in range(c1+1,len(M[c1])):
M[c1][i]=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1],clustersCentros[i])
# PARA LA GUI y comprobar el mejor numero de clusters
if self.n-k-1<clusts:
asig[self.n-k-1]=copy.deepcopy(clusters)
centr[self.n-k-1]=copy.deepcopy(clustersCentros)
return asig, centr
def ejecuta_simple(self, clusts):
# FASE1: Inicializa Matriz de distancias
M=[([0 for _ in range(self.n)]) for _ in range(self.n-1)]
for i in range(self.n-1):
for j in range(i+1,self.n):
M[i][j]=self.distancia.distancia(self.poblacion[i],self.poblacion[j])
# Array de clusters
clusters=[[i] for i in range(self.n)]
# Array con los centros de cada cluster
clustersCentros=[[x] for x in self.poblacion]
asig=[[] for _ in range(clusts)]
centr=[[] for _ in range(clusts)]
# FASE2:
# Repite hasta que solo haya "self.C" clusters
for k in range(self.C,self.n):
# Elegir los 2 cluster mas cercanos
c1,c2=None,None
distMin=float("inf")
for i in range(len(M)):
for j in range(i+1,len(M[0])):
if distMin>M[i][j]:
distMin=M[i][j]
c1=i
c2=j
# Junta los cluster mas cercanos
for x in clusters[c2]:
clusters[c1].append(x)
clusters.pop(c2)
# Actualiza centro
for x in clustersCentros[c2]:
clustersCentros[c1].append(x)
clustersCentros.pop(c2)
# Borra fila, si se elimina el ultimo cluster no hay que eliminar la fila.
# Porque la matriz esta implementada solo el triangulo superior
if c2!=len(M): M.pop(c2)
# Borra Columna
for row in M:
del row[c2]
c1N=len(clustersCentros[c1])
# Actualiza col
i=0
while i!=c1:
nDist=float("inf")
distTMP=float("inf")
c2N=len(clustersCentros[i])
for a in range(c1N): # Recorre los individuos de "c1"
for b in range(c2N): # Recorre los individuos de "i2 (individuo a cambiar de la fila)
distTMP=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1][a],clustersCentros[i][b])
if distTMP<nDist: nDist=distTMP # Coge la menor distancia entre el individuo "c1" e "i"
M[i][c1]=nDist
#M[i][c1]=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1],clustersCentros[i])
i+=1
# Actualiza fila
for i in range(c1+1,len(M[c1])):
nDist=float("inf")
distTMP=float("inf")
c2N=len(clustersCentros[i])
for a in range(c1N): # Recorre los individuos de "c1"
for b in range(c2N): # Recorre los individuos de "i2 (individuo a cambiar de la fila)
distTMP=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1][a],clustersCentros[i][b])
if distTMP<nDist: nDist=distTMP # Coge la menor distancia entre el individuo "c1" e "i"
M[c1][i]=nDist
# PARA LA GUI y comprobar el mejor numero de clusters
if self.n-k-1<clusts:
asig[self.n-k-1]=copy.deepcopy(clusters)
centr[self.n-k-1]=copy.deepcopy(clustersCentros)
return asig, centr
def ejecuta_completo(self, clusts):
# FASE1: Inicializa Matriz de distancias
M=[[0 for _ in range(self.n)] for _ in range(self.n-1)]
for i in range(self.n-1):
for j in range(i+1,self.n):
M[i][j]=self.distancia.distancia(self.poblacion[i],self.poblacion[j])
# Array de clusters
clusters=[[i] for i in range(self.n)]
# Array con los centros de cada cluster
clustersCentros=[[x] for x in self.poblacion]
asig=[[] for _ in range(clusts)]
centr=[[] for _ in range(clusts)]
# FASE2:
# Repite hasta que solo haya "self.C" clusters
for k in range(self.C,self.n):
# Elegir los 2 cluster mas cercanos
c1,c2=None,None
distMin=float("inf")
for i in range(len(M)):
for j in range(i+1,len(M[0])):
if distMin>M[i][j]:
distMin=M[i][j]
c1=i
c2=j
# Junta los cluster mas cercanos
for x in clusters[c2]:
clusters[c1].append(x)
clusters.pop(c2)
# Actualiza centro
for x in clustersCentros[c2]:
clustersCentros[c1].append(x)
clustersCentros.pop(c2)
# Borra fila, si se elimina el ultimo cluster no hay que eliminar la fila.
# Porque la matriz esta implementada solo el triangulo superior
if c2!=len(M): M.pop(c2)
# Borra Columna
for row in M:
del row[c2]
c1N=len(clustersCentros[c1])
# Actualiza col
i=0
while i!=c1:
nDist=-float("inf")
distTMP=-float("inf")
c2N=len(clustersCentros[i])
for a in range(c1N): # Recorre los individuos de "c1"
for b in range(c2N): # Recorre los individuos de "i2 (individuo a cambiar de la fila)
distTMP=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1][a],clustersCentros[i][b])
if distTMP>nDist: nDist=distTMP # Coge la menor distancia entre el individuo "c1" e "i"
M[i][c1]=nDist
#M[i][c1]=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1],clustersCentros[i])
i+=1
# Actualiza fil TODO PARALELIZAR
for i in range(c1+1,len(M[c1])):
nDist=-float("inf")
distTMP=-float("inf")
c2N=len(clustersCentros[i])
for a in range(c1N): # Recorre los individuos de "c1"
for b in range(c2N): # Recorre los individuos de "i2 (individuo a cambiar de la fila)
distTMP=self.distancia.distancia(clustersCentros[c1][a],clustersCentros[i][b])
if distTMP>nDist: nDist=distTMP # Coge la menor distancia entre el individuo "c1" e "i"
M[c1][i]=nDist
# PARA LA GUI y comprobar el mejor numero de clusters
if self.n-k-1<clusts:
asig[self.n-k-1]=copy.deepcopy(clusters)
centr[self.n-k-1]=copy.deepcopy(clustersCentros)
return asig, centr
def GUI(k, mejor, fits, coefs, poblacion,asignacion):
# Create figure and axes
#fig, axs = plt.subplots(2, 2, figsize=(18, 12), gridspec_kw={'width_ratios': [1, 2]})
# Define data for the first plot
x1 = [i for i in range(1, k + 1)]
# Define data for the second plot
x2 = [i for i in range(2, k + 1)]
# Define data for the third plot
colors = ['blue', 'red', 'green', 'black', 'pink', 'yellow', 'magenta', 'brown', 'darkgreen', 'gray', 'fuchsia',
'violet', 'salmon', 'darkturquoise', 'forestgreen', 'firebrick', 'darkblue', 'lavender', 'palegoldenrod',
'navy']
n = len(poblacion)
x3 = [[] for _ in range(k)]
y3 = [[] for _ in range(k)]
for i in range(n):
x3[asignacion[i]].append(poblacion[i][0])
y3[asignacion[i]].append(poblacion[i][1])
# Crear la figura y GridSpec
fig = plt.figure(figsize=(10, 6))
gs = GridSpec(2, 2, figure=fig)
# Grafico 1 (arriba a la izquierda)
ax1 = fig.add_subplot(gs[0, 0])
ax1.plot(x1, fits, color='b', linestyle='-')
ax1.scatter(mejor+1, fits[mejor], color='red') # Punto rojo
ax1.set_xlabel('Clusters')
ax1.set_ylabel('Fitness')
ax1.set_title('Diagrama de codo')
ax1.grid(True)
# Grafico 2 (abajo a la izquierda)
ax2 = fig.add_subplot(gs[1, 0])
ax2.plot(x2, coefs, color='b', linestyle='-')
ax2.scatter(mejor+1, coefs[mejor-1], color='red') # Punto rojo
ax2.set_xlabel('Clusters')
ax2.set_ylabel('Coficiente')
ax2.set_title('Davies Bouldin')
ax2.grid(True)
ax2.set_xlim(1, k) # Expandir el eje x
# Grafico 3 (a la derecha, ocupando las 2 filas)
ax3 = fig.add_subplot(gs[:, 1])
# Plot the third diagram in the first row, second column
for i in range(k):
ax3.scatter(x3[i], y3[i], color=colors[i])
ax3.set_xlabel('X')
ax3.set_ylabel('Y')
ax3.set_title('Poblacion')
plt.tight_layout() # Ajustar la disposición de los subplots
plt.show() # Mostrar los gráficos
def calcula_DB_mejor(DBs):
n=len(DBs)
val=DBs[0]
ret=0
for i in range(1,n):
if val>DBs[i]:
val=DBs[i]
ret=i
return ret
def davies_bouldin(poblacion, k, asignacion, centroides):
ret=0.0
n=len(poblacion)
tmp=0.0
distanciaProm=[0.0 for _ in range(k)]
indsCluster=[0 for _ in range(k)] # Numero de inviduos en cada cluster
for i in range(n):
distanciaProm[asignacion[i]]+=distancia(centroides[asignacion[i]],poblacion[i])
indsCluster[asignacion[i]]+=1
for i in range(k):
distanciaProm[i]/=indsCluster[i]
distanciaClust=[[0 for _ in range(k)] for _ in range(k)]
for i in range(k-1):
for j in range(i+1,k):
tmp=distancia(centroides[i],centroides[j])
distanciaClust[i][j]=tmp
distanciaClust[j][i]=tmp
tmp=0.0
for i in range(k):
maxVal=0.0
for j in range(k):
if i==j: continue
tmp=(distanciaProm[i]+distanciaProm[j])/(distanciaClust[i][j])
if tmp>maxVal: maxVal=tmp
ret+=maxVal
ret/=k
return ret
def plot2D(poblacion,asignacion,k):
#['aliceblue', 'antiquewhite', 'aqua', 'aquamarine', 'azure', 'beige', 'bisque', 'black', 'blanchedalmond', 'blue', 'blueviolet', 'brown', 'burlywood', 'cadetblue', 'chartreuse', 'chocolate', 'coral', 'cornflowerblue', 'cornsilk', 'crimson', 'cyan', 'darkblue', 'darkcyan', 'darkgoldenrod', 'darkgray', 'darkgreen', 'darkgrey', 'darkkhaki', 'darkmagenta', 'darkolivegreen', 'darkorange', 'darkorchid', 'darkred', 'darksalmon', 'darkseagreen', 'darkslateblue', 'darkslategray', 'darkslategrey', 'darkturquoise', 'darkviolet', 'deeppink', 'deepskyblue', 'dimgray', 'dimgrey', 'dodgerblue', 'firebrick', 'floralwhite', 'forestgreen', 'fuchsia', 'gainsboro', 'ghostwhite', 'gold', 'goldenrod', 'gray', 'green', 'greenyellow', 'grey', 'honeydew', 'hotpink', 'indianred', 'indigo', 'ivory', 'khaki', 'lavender', 'lavenderblush', 'lawngreen', 'lemonchiffon', 'lightblue', 'lightcoral', 'lightcyan', 'lightgoldenrodyellow', 'lightgray', 'lightgreen', 'lightgrey', 'lightpink', 'lightsalmon', 'lightseagreen', 'lightskyblue', 'lightslategray', 'lightslategrey', 'lightsteelblue', 'lightyellow', 'lime', 'limegreen', 'linen', 'magenta', 'maroon', 'mediumaquamarine', 'mediumblue', 'mediumorchid', 'mediumpurple', 'mediumseagreen', 'mediumslateblue', 'mediumspringgreen', 'mediumturquoise', 'mediumvioletred', 'midnightblue', 'mintcream', 'mistyrose', 'moccasin', 'navajowhite', 'navy', 'oldlace', 'olive', 'olivedrab', 'orange', 'orangered', 'orchid', 'palegoldenrod', 'palegreen', 'paleturquoise', 'palevioletred', 'papayawhip', 'peachpuff', 'peru', 'pink', 'plum', 'powderblue', 'purple', 'rebeccapurple', 'red', 'rosybrown', 'royalblue', 'saddlebrown', 'salmon', 'sandybrown', 'seagreen', 'seashell', 'sienna', 'silver', 'skyblue', 'slateblue', 'slategray', 'slategrey', 'snow', 'springgreen', 'steelblue', 'tan', 'teal', 'thistle', 'tomato', 'turquoise', 'violet', 'wheat', 'white', 'whitesmoke', 'yellow', 'yellowgreen']
colors=['blue','red','green','black','pink','yellow','magenta','brown','darkgreen','gray','fuchsia','violet','salmon','darkturquoise','forestgreen','firebrick', 'darkblue','lavender','palegoldenrod','navy']
n=len(poblacion)
x=[[]for _ in range(k)]
y=[[]for _ in range(k)]
for i in range(n):
x[asignacion[i]].append(poblacion[i][0])
y[asignacion[i]].append(poblacion[i][1])
for i in range(k):
plt.scatter(x[i], y[i], color=colors[i])
plt.xlabel('X')
plt.ylabel('Y')
plt.title('2D-Plot')
plt.show()
"""La funcion de evaluacion calcula la suma al cuadrado de distancias (euclidianas)
de cada individuo al centroide de su cluster"""
def evaluacion(poblacion, asignacion,centroides):
n=len(poblacion)
d=len(poblacion[0])
tmp=0.0
ret=0.0 # distancia Euclidea
for i in range(n):
tmp=0.0
for a in range(d): # Recorre sus dimensiones
tmp+=(poblacion[i][a]-centroides[asignacion[i]][a])**2
ret+=(tmp**2)
return ret
def distancia(a,b):
ret=0.0
for i in range(len(a)):
ret+=(a[i]-b[i])**2
return math.sqrt(ret)
def ejecuta_diferentes_poblaciones(poblacion,k):
# vals, Num Clusters, tipo=centroide, simple, completo, dist=Manhattan o Euclidea, print
suma=100
cont=10
dic={}
dic[0]="Centroide"
dic[1]="Simple "
dic[2]="Completa "
print("Array desordenado con valores de 0-10000")
while(cont<10000):
print("\nArray[0:{}]".format(cont))
for i in range(3):
timeStart=MPI.Wtime()
JA=Jerarquico_Aglom(poblacion[0:cont],k,i,0)
prueba=JA.ejecuta()
timeEnd=MPI.Wtime()
print("{}. Tiempo de ejecucion: {}".format(dic[i],(timeEnd-timeStart)))
cont+=suma
if cont == 1000:
suma=250
elif cont == 2500:
suma=500
def ejecuta_centroide(poblacion, distancia, clusts):
print("Por centroide")
n=len(poblacion)
k=1
timeStart=MPI.Wtime()
JA=Jerarquico_Aglom(poblacion,k,0,distancia)
asignaciones, centroides=JA.ejecuta(clusts)
"""for x in asignaciones:
print("Len=",len(x),x)"""
asignacionesFin=[[-1 for _ in range(n)] for _ in range(clusts)]
for numClust in range(clusts):
for i in range(numClust+1):
for j in asignaciones[numClust][i]:
asignacionesFin[numClust][j]=i
#print(asignacionesFin[i])
timeEnd=MPI.Wtime()
print("Tiempo de ejecucion: {}\n".format(timeEnd-timeStart))
fits=[evaluacion(poblacion, asignacionesFin[i],centroides[i]) for i in range(clusts)]
DBs=[davies_bouldin(poblacion, i, asignacionesFin[i-1], centroides[i-1]) for i in range(2,clusts+1)]
dbMejor=calcula_DB_mejor(DBs)
"""print("F",DBs)"""
GUI(clusts, dbMejor+1, fits,DBs,poblacion, asignacionesFin[dbMejor+1])
def ejecuta_simple(poblacion, distancia, clusts):
print("Por enlace simple")
n=len(poblacion)
d=len(poblacion[0])
k=1
timeStart=MPI.Wtime()
JA=Jerarquico_Aglom(poblacion,k,1,distancia)
asignaciones, centroides=JA.ejecuta(clusts)
asignacionesFin=[[-1 for _ in range(n)] for _ in range(clusts)]
for numClust in range(clusts):
for i in range(numClust+1):
for j in asignaciones[numClust][i]:
asignacionesFin[numClust][j]=i
centroidesFin=[]
for numClust in range(clusts):
tmpClust=[]
for j in range(numClust+1):
m=len(centroides[numClust][j])
tmp=[0 for _ in range(d)]
for x in centroides[numClust][j]:
for a in range(d):
tmp[a]+=x[a]
for a in range(d):
tmp[a]/=m
tmpClust.append(tmp)
centroidesFin.append(tmpClust)
timeEnd=MPI.Wtime()
print("Tiempo de ejecucion: {}\n".format(timeEnd-timeStart))
print(centroidesFin[0])
fits=[evaluacion(poblacion, asignacionesFin[i],centroidesFin[i]) for i in range(clusts)]
DBs=[davies_bouldin(poblacion, i, asignacionesFin[i-1], centroidesFin[i-1]) for i in range(2,clusts+1)]
dbMejor=calcula_DB_mejor(DBs)
GUI(clusts, dbMejor+1, fits,DBs,poblacion, asignacionesFin[dbMejor+1])
def ejecuta_completa(poblacion, distancia, clusts):
print("Por enlace completo")
n=len(poblacion)
d=len(poblacion[0])
k=1
timeStart=MPI.Wtime()
JA=Jerarquico_Aglom(poblacion,k,2,distancia)
asignaciones, centroides=JA.ejecuta(clusts)
timeEnd=MPI.Wtime()
print("Tiempo de ejecucion: {}\n".format(timeEnd-timeStart))
asignacionesFin=[[-1 for _ in range(n)] for _ in range(clusts)]
for numClust in range(clusts):
for i in range(numClust+1):
for j in asignaciones[numClust][i]:
asignacionesFin[numClust][j]=i
centroidesFin=[]
for numClust in range(clusts):
tmpClust=[]
for j in range(numClust+1):
m=len(centroides[numClust][j])
tmp=[0 for _ in range(d)]
for x in centroides[numClust][j]:
for a in range(d):
tmp[a]+=x[a]
for a in range(d):
tmp[a]/=m
tmpClust.append(tmp)
centroidesFin.append(tmpClust)
fits=[evaluacion(poblacion, asignacionesFin[i],centroidesFin[i]) for i in range(clusts)]
DBs=[davies_bouldin(poblacion, i, asignacionesFin[i-1], centroidesFin[i-1]) for i in range(2,clusts+1)]
dbMejor=calcula_DB_mejor(DBs)
GUI(clusts, dbMejor+1, fits,DBs,poblacion, asignacionesFin[dbMejor+1])
def main():
#poblacion=[[1,0], [2,0], [4,0], [5,0], [11,0], [12,0], [14,0], [15,0], [19,0], [20,0], [20.5,0], [21,0]]#, [14,0], [15,0], [19,0], [20,0], [20.5,0], [21,0]
# 6000 1 generacion de puntos aleatorios
# 6000_2 2 generaciones de puntos aleatorios
# 6000_3 6 generaciones de puntos aleatorios
# 100000_2D 6 generaciones de puntos aleatorios
archivo="1000_2D"
C=7
dists=["Manhattan","Euclidea"]
distancia=0
poblacion=lee(archivo)
print("\nEjecutando archivo: {}, numero de clusters para la GUI: {}, distancia: {}\n".format(archivo, C, dists[distancia]))
#ejecuta_diferentes_poblaciones(poblacion,1)
ejecuta_centroide(poblacion, distancia, C)
#ejecuta_simple(poblacion, distancia, C)
#ejecuta_completa(poblacion, distancia, C)
main()